“水资源高效开发利用”重点专项以提升国家水资源安全保障的科技支撑能力为总目标，使应用示范项目或区域用水效率、非常规水开发利用技术与成本、水资源调配工程与管理技术达到国际先进水平，为促进科技成果应用，培育和发展水安全产业，形成重点区域水资源安全供给系统性技术解决方案及配套装备，形成50 亿立方米的水资源当量应用效益，远景支撑正常年份缺水率降至3%以下提供科技支撑。

“水资源高效开发利用”重点专项执行期从2016年至2020年，按“基础研究-重大共性关键技术-典型应用示范”全链条设计，共部署六项研究内容：综合节水理论与关键技术设备、非常规水资源开发利用技术与设备、流域水循环演变与国家水资源配臵战略、重大水资源配臵工程建设与安全运行、江河治理与水沙调控、水资源智能调度精细化管理。