“长江黄河等重点流域水资源与水环境综合治理”重点专项主要针对长江大保护和长江经济带建设、黄河流域生态保护和高质量发展等国家重大区域发展战略需求，突出水资源-水环境-水生态“三水”融合和健康水系统构建，通过基础理论研究、关键技术与装备研发、流域管理创新、典型区域和小流域集成示范，支撑长江、黄河流域水安全保障与治理能力的实质性提升，形成重点典型流域水系统治理范式，并进行推广应用。通过专项研究，力求为长江黄河水资源调控和承载力提升、水环境质量改善、生态用水需求保障、河湖生态系统功能修复及生态系统完整性提升等提供强有力的技术支撑，为流域为主体的治理与管理能力现代化水平提升提供探索性经验。

“长江黄河等重点流域水资源与水环境综合治理”重点专项主要有六大任务：（1）流域水系统健康诊断与病因识别；（2）流域水资源系统调配与高效利用；（3）流域水环境质量改善与综合治理；（4）水源风险阻断与饮用水安全供给；（5）流域生态系统修复与三水融合调控；（6）智慧流域构建与管理体制创新。预期将形成流域“三水”融合与调控理论、水资源水环境水生态感知和水处理重大设备及仪器、处理与净化新材料新技术新工艺、标准规范及决策平台和标志性示范工程等成果。“长江黄河等重点流域水资源与水环境综合治理”重点专项执行期从2021年至2025年。